Современные нормы правописания кодифицированы в следующих справочниках и словарях:

1. Букчина Б.З., Сазонова И.К., Чельцова Л.К.  Орфографический словарь русского языка. – М.: АСТ-ПРЕСС КНИГА, 2010. (А также последующие издания.)
2. Орфографический словарь русского языка / Акад. наук СССР. Ин-т языкознания. – М. : ГИС, 1956.  (Словарь был переиздан более 30 раз. Издания 5-е, 13-е, 29-е публиковались с изменениями и дополнениями.)
3. Правила русской орфографии и пунктуации : полный академический справочник / РАН, Отделение историко-филол. наук, Институт русского языка им. В. В. Виноградова. – М. : Эксмо, 2006. (А также последующие издания.)
4. Правила русской орфографии и пунктуации : Утв. Акад. наук СССР, М-вом высш. образования СССР и М-вом просвещения РСФСР. – М. : Учпедгиз, 1956. (А также издания 1957 и 1962 гг.)
5. Розенталь Д. Э. Справочник по правописанию и литературной правке. (Издания разных лет.)
6. Русский орфографический словарь : около 200 000 слов / РАН ; Ин-т русского языка им. В. В. Виноградова / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – Изд. 4-е, испр. и доп. – М. : АСТ-ПРЕСС КНИГА, 2013.

Орфографическая ошибка – это написание слова, не соответствующее орфографическим нормам. Орфографические нормы устанавливаются академическими орфографическими словарями и справочниками.

Пунктуационная ошибка – это неиспользование пишущим необходимого знака препинания, его употребление там, где он не требуется, а также необоснованная замена одного знака препинания другим. Пунктуационная ошибка противопоставляется пунктуационной норме, отраженной в пунктуационном правиле.

Эти ошибки могут быть допущены только на письме: их можно увидеть, услышать их нельзя.

Эксперт при проверке должен учитывать следующее.

1. В школе изучаются далеко не все тонкости русской орфографии и пунктуации.
2. Некоторые правила русского правописания предоставляют пишущему возможность выбора написания и способа пунктуационного оформления синтаксической конструкции.
3. Рекомендации словарей и справочников по правописанию не всегда совпадают.
4. Существуют объективные трудности орфографии и пунктуации, связанные с переходностью языковых явлений.
5. В некоторых случаях возможно двоякое объяснение синтаксической структуры предложения и, соответственно, разная пунктуация.

Соответственно, не должны влиять на оценку грамотности (исправляются, но не  учитываются при проверке):

1) нарушение правил, не включённых в школьную программу или обусловленных явлениями языковой переходности:

• употребление прописной буквы в составных географических наименованиях (площадь Никитские ворота, страна восходящего солнца), в собственных именах, употребленных в переносном значении (Обломовы и обломовы); в именах и фамилиях с первыми частями дон, ван, сент... (дон Педро и Дон Кихот);
• написание н и нн в причастиях и отглагольных прилагательных, образованных от двувидовых глаголов (слова:  завещать, обещать, казнить, родить, крестить);
• написание сложных существительных без соединительной гласной (в основном заимствования), не регулируемые правилами и не входящие в словарь-минимум (ленд-лиз, люля-кебаб, ноу-хау, папье-маше, перекати-поле, гуляй-город пресс-папье, но бефстроганов, метрдотель, портшез, прейскурант);
• пунктуационное оформление предложений с вводным словом, стоящим в начале или в конце обособленного оборота (в этом случае вводное слово никаким знаком от оборота не отделяется), например: Посреди поляны росло большое дерево, судя по всему[,] вяз. (вторая запятая не нужна);
• отсутствие обособления сравнительного  оборота, если ему предшествует отрицание не или частицы совсем, совершенно, почти, именно, прямо и т.п.: Было светло, почти как днем (запятая не нужна).

2) выбор одного из двух написаний или способов пунктуационного оформления синтаксической конструкции, предусмотренных правилами и словарями. Примеры правил, которые допускают вариативность[1]:

• слитное и раздельное написание не (в некоторых случаях возможно двоякое толкование высказывания и, как следствие, двоякое написание, ср.: Эта задача нетрудная и Эта задача не трудная, Перед нами необычное явление и Перед нами не обычное явление);
• употребление тире между подлежащим и сказуемым – сравнительным оборотом, присоединяемым словами как, словно, вроде, точно и под., ср.: Пруд как блестящая сталь и Огни – как нити золотых бус;
• употребление тире между подлежащим это и сказуемым, выраженным существительным в им. п., ср.: Это очень интересная книга и Это – очень интересная книга;
• употребление тире в неполном предложении, ср.: Вокруг месяца – бледные круги и А в доме стук, ходьба;
• обособление несогласованных определений, относящихся к нарицательным именам существительным, ср.: Доктор, со шпагою в руке, вбежал в спальню и Продавец в чистом белом халате и синей шапочке обслуживал клиента;
• обособление ограничительно-выделительных оборотов, ср.: Кроме зарплаты они получали премиальные и Кроме блюд и соусников, на столе стояло множество горшочков;
• пунктуационное оформление сложноподчиненного предложения с придаточными изъяснительными, условными и уступительными, ср.: Что Вася говорил про эту встречу, совершенно забылось и Как он добрался сюда – уж этого никак не мог он понять;
• вариативные написания: бивак и бивуак; фортепьяно и фортепиано; травмопункт и травмпункт; тоннель и туннель; двускатный и двухскатный;
• в передаче авторской пунктуации;
• ошибки в переносе слов.

3)  графические ошибки – разновидность ошибок, связанных с графикой, т.е. средствами письменности языка, фиксирующими отношения между звуками устной речи и буквами, которыми они обозначаются.

К графическим средствам помимо букв от­носятся: различные приемы сокращения слов, использование пробелов между сло­вами, различных подчеркиваний и шрифтовых выделений.

Графическими ошибками являются различные описки и опечатки, вызванные невнимательностью пишущего или поспешностью написания. Исправляются, но не учитываются описки – неправильные написания, искажающие звуковой облик слова (мемля вместо земля).

К числу наиболее распространенных графических ошибок обычно относят:

• пропуск букв, например: весь роман стоится на этом конф­ликте (следует: строится);
• перестановка  букв, например: новые наименования пордуктов (следует: продуктов);
• замена одних буквенных знаков другими, например: лешендарное Ледовое побоище (следует: легендарное);
• добавление лишних букв: Вот почему важно в любых, дашже самых сложных, условиях... (следует: даже).

4. написания, для которых менялись орфографические рекомендации:

бог / Бог

водноспортивный / водно-спортивный

вторая мировая война / Вторая мировая война

деланный / деланый (в знач. неестественный, ненатуральный: делан(н)ая улыбка)

естественно-научный / естественнонаучный

заполдень / за полдень

заполночь / за полночь

зорянка / зарянка (птица)

как-то / как то (перед перечислением, напр.: Острогою бьется крупная рыба,

 как(-)то: щуки, сомы, жерехи, судаки.)

лироэпический / лиро-эпический

масленица / Масленица

масс-культура / масскультура

масс-медиа / массмедиа

мелочовка / мелочевка

народнопоэтический / народно-поэтический

народнохозяйственный / народно-хозяйственный

не сегодня-завтра / не сегодня завтра

невзирая на лица / не взирая на лица

непрошеный (прил.)

первобытнообщинный / первобытно-общинный

плащевка / плащовка

плейер / плеер

рождество / Рождество

интернет/Интернет

розыскник / разыскник

розыскной /разыскной

считанный / считаный (в знач. малый по количеству: считан(н)ые минуты) 

церковнославянский / церковно-славянский

черно-бурый / чернобурый

5. написания, регулируемые орфографическими правилами, в которые были внесены изменения

6. варианты пунктуационного оформления предложения, вызванные наличием в языке переходных явлений

Некоторые правила пунктуации (очень редко – орфографии) не дают достаточно четкого критерия для выбора написания именно в связи с существованием переходных языковых единиц. Это, например:

• разграничение фразеологизмов, которые не требуют знаков препинания, и свободных сочетаний слов, которые необходимо обособлять или внутри которых необходимы знаки, ср.: труслив как заяц и трУсит(,) как заяц; Болтает, не знаю что и Делай что хочешь;
• разграничение некоторых вводных слов и омонимичных им невводных (показательны некоторые фрагменты словарных статей из «Справочника пунктуации» В.М. Пахомова, В.В. Свинцова, И.В. Филатовой: «На первый взгляд… Зачастую трудно определить, является ли сочетание «на первый взгляд» вводным. В спорных случаях решение о постановке знаков препинания принимает автор текста»; «Правда… 3. Союз со значением уступки (обычно в начале предложения или части сложного предложения). То же, что «хотя и, однако, но». Вопреки пунктуационным правилам союз «правда» обычно выделяется запятыми, сближаясь по значению с вводным словом». С тех пор в своем бобыльском хозяйстве Дубчик обходился топором, правда, тоже старым и заржавленным, с неудобным расшатанным топорищем. (В. Быков. Народные мстители) «Ну как заказчики?» – интересовался ночью Колька, и похлопывал жену по мягкому телу, и смеялся – не притворялся, действительно смех брал, правда, нервный какой-то смех. (В. Шукшин. Жена мужа в Париж провожала) Погуляли хорошо, правда устали»; «Главным образом… В некоторых источниках, например в справочнике по пунктуации Д.Э. Розенталя, содержится рекомендация обособлять сочетание «главным образом» как вводное, служащее для выделения, оценки чего-либо, а также выступающее в знач. «самое главное». Однако примеры из художественной литературы свидетельствуют о том, что слова «главным образом», не входящие в состав присоединительного оборота, обычно не обособляются»);
• различение омонимичных частиц и междометий, ср: О поле, поле, кто тебя усеял мертвыми костями? и О, дорогой мой, как это прекрасно!;
• разграничение сравнительных оборотов, которые можно заменить творительным сравнения, и тех, которые такой замене не поддаются, ср: Как кошка (кошкой) Генка забрался на чердак и Атвуд, как курок (курком?), взвел левую бровь и при этом Но в это время, как гром, тарарахнул выстрел и В гневе он как гром загремел…; Как град посыпалась картечь и Потом в стенку вагона застучали, как град, пули.
• Примеры предложений, которые допускают двоякое объяснение их синтаксической структуры: Во всем – и в природе, и среди полей – чувствовалось что-то незаконченное, недовершенное и Во всем: и в природе, и среди полей – чувствовалось что-то незаконченное, недовершенное; Самые скороспелые грибы, например: березовики и сыроежки – достигают полного развития в три дня и Самые скороспелые грибы, например березовики и сыроежки, достигают полного развития в три дня; Я не понимаю, какая муха тебя укусила и Я не понимаю: какая муха тебя укусила?

На оценку сочинения распространяются положения о негрубых, повторяющихся и однотипных ошибках.

Среди ошибок следует выделять негрубые, то есть не имеющие существенного значения для характеристики грамотности. При подсчете ошибок две негрубые считаются за одну.

К негрубым относятся ошибки:

• в написании фамилий, имён автора и героев произведений и автора анализируемого текста[2];
• в написании большой буквы в составных собственных наименованиях, например: Международный астрономический союз;
• в написании буквы э/е после согласных в иноязычных словах, например: рэкет, пленэр и после гласных в собственных именах, например: Мариетта;
• в слитном и дефисном написании сложных прилагательных, написание которых противоречит школьному правилу, например (слова даны в неискаженном написании): глухонемой, нефтегазовый, военно-исторический, гражданско-правовой, литературно-художественный, индоевропейский, научно-исследовательский, хлебобулочный;
• в трудных случаях разграничения сложного прилагательного, образованного сращением наречия и прилагательного, и прилагательного с зависимым наречием, например: (активно)действующий, (сильно)действующий, (болезненно)тоскливый;

• в необоснованном написании прилагательных на -ский с прописной буквы, например, Шекспировские трагедии; шекспировские стихи;
• в случаях, когда вместо одного знака препинания поставлен другой (кроме постановки запятой между подлежащим и сказуемым);
• в пропуске одного из сочетающихся знаков препинания или в нарушении их последовательности.

Необходимо учитывать также повторяемость и однотипность ошибок. Если ошибка повторяется в одном и том же слове или в корне однокоренных слов, то она считается за одну ошибку.

Однотипными считаются ошибки на одно правило, если условия выбора правильного написания заключены в грамматических (в армии, в роще; колют, борются) и фонетических (пирожок, сверчок) особенностях данного слова.

Не считаются однотипными ошибки на такое правило, в котором для выяснения правильного написания одного слова требуется подобрать другое (опорное) слово или его форму (вода – воды, рот – ротик, грустный – грустить, резкий – резок).

Первые три однотипные ошибки считаются за одну ошибку, каждая следующая подобная ошибка учитывается как самостоятельная. Если в одном непроверяемом слове допущены две и более ошибки, то все они считаются за одну ошибку.